新型农村合作医疗作为各级党委、政府关爱农民、提高农村特别是广大农村贫困地区群众健康水平、促进社会主义新农村建设、构建和谐农村的重要措施和内容，促进了农民群众健康水平的提高，改变了实施地区贫困群众“小病拖，大病熬，重病只能等死”的恶劣状况，也受到了广大农民群众的欢迎和称赞。然而，在具体操作中，要注意把好三道关口，才能真正把农村新型合作医疗这件好事办实，实事办好，使农民群众真正得到实惠，促进农村新型合作医疗健康快速发展。
一是要把好宣传发动关。农村新型合作医疗是各级党委政府为提高广大农民群众健康水平、减少农民群众因病致贫、因病返贫而采取的一项惠农措施，各级政府为此投入了不少资金，为提高农民群众的互助意识，也需要参合人员缴纳少量现金。为此，必须切实把好宣传关，把参加农村新型合作医疗的目的、意义，特别是广大农民群众能得到的实惠讲深讲透，宣传到家喻户晓，使群众积极主动参加。在刚开始实施的地区，更是要明确责任、加大宣传发动力度，防止少数经办人员参加完相关会议和培训后一听了事，不宣传、不发动，“贪污”政策，导致农民群众不理解、不支持，甚至误认为是乱收费的情况发生。
二是要把好参合人员关。在过去的实践中，曾出现过一些城镇人员甚至是在职职工把子女交由在农村的亲人照管，由于把关不严而参加新型农村合作医疗的现象。农村新型合作医疗的大部分资金是由各级政府筹集的，其用途也帮助农民群众解决看病贵的问题，城镇人口的参与无疑侵占了农民群众的利益、影响了对农村新型合作医疗资金的监控和合理使用，所以在办理农村新型合作医疗中，务必把好参合人员关。
三是要把好个人筹资部分减免关。为减轻部分农村特殊贫困人口的负担，真正达到农村新型合作医疗的目的，国家实行免收农村特困户、贫困残疾人、五保户农村新型合作医疗个人筹资部分、由相关部门资助的办法。然而在具体操作中，究竟哪些户确实是特困户、哪些是贫困残疾人，虽然有一定的审批程序，但最广泛、最真实的情况还是基层掌握。这就要防止一些人钻政策的空子，不交农村新型合作医疗个人筹资部分，既侵占真正特殊困难群体的利益、加大财政负担、影响农村新型合作医疗又好又快发展，又在农民群众中造成恶劣影响，导致一些群众对农村新型合作医疗的误解，更干扰各级党委、政府对农村特殊困难群体的关爱、影响党群、干群关系。
所以在办理农村新型合作医疗具体业务的过程中，务必把好三道关口，把党和政府的关爱送到广大农民群众特别是农村特殊困难群体的手中，促进农村新型合作医疗健康有序发展。