经云南省人民政府以及教育部批准，云南医学高等专科学校于2003年5月正式成立。云南医专前身为始建于1936年的云南省卫生学校。目前，学校坐落于四季如春的昆明，占地面积共633亩。省乡村医生函授总校、省远程医学中心、省全科医生转型培训中心也建在该校。
学校在岗教职工近236名，副教授及以上高级职称66名。此外，还聘请各类高级专家长期在我校任教。学校与加拿大莫哈克学院、加拿多学院及联邦学院建立了不同层次的交流关系。学校具有能满足教学需要的实验室和先进的远程教学系统。临床实习医院60余家。学校成立后将开设护理、涉外护理、口腔、医学影像、中医、临床医学等专业。在校注册生规模达到5000余人。
面对新世纪的挑战，学校确立了立足本省、面向全国、辐射东南亚，把学校办成特色突出、质量较高、效益明显、社会知名的医学高等专科学校的一个目标；制定了学校近期和中期的战略发展规划和建设学习型学校的两大任务；开展教学改革、人事分配制度改革、后勤社会化改革等三项改革；致力于学科建设、师资队伍建设、新校区建设、实习医院和实习基地建设四大建设；狠抓理论武装工作、加强领导班子和干部队伍建设、加强党的建设和党风廉政建设、加强制度建设、扩大办学规模等五项保障。
学校将遵循“面向基层，主要是县乡、边疆山区第一线，致力于实用型、技能型高等医学专科人才培养”的办学指导思想。树立以全面素质为基础、以综合能力为本位、以培养学生的创新精神和实践能力为重点、提高学生执业能力和创业能力为目标的教学思想，培养优秀的高级医学人才。目前，新校区的建设等各项工作进展顺利，正在努力实现学校事业跨越式发展。