温州科技职业学院于2006年5月经批准在温州市农科院基础上筹建，2008年2月经浙江省人民政府批准正式建立，学院系专科层次的公办普通高等职业学校，由温州市人民政府举办。
溯源追昔，学院已有50多年的办学历史。温州科技职业学院系在温州市农科院基础上建立。温州市农科院于2000年2月由原来的温州市农科所、温州市蔬菜科学研究所和温州农校合并组建而成。温州农业学校的前身是1950年8月由省文教厅批准建立的“浙江省立温州农业技术学校”，于1983年恢复建设。办学以来共为社会输送了9000多名优秀毕业生，其中大部分已担任领导职务或成为业务骨干，在温州地方社会经济建设中发挥了重要作用。
学院座落于温州市六虹桥路1000号，占地面积677亩，建筑面积14.5万平方米。拥有教学科研仪器设备价值3800万元，馆藏纸质图书23.8万册、电子图书15.5万种、期刊650种，面向全国发行的《温州农业科技》具有50余年历史。
学院自2006年筹建以来，温州市政府投入了2.1亿元资金，建成了教学楼3幢、食堂1幢、学生宿舍楼3幢、图书馆1幢、实验实训楼2幢、标准田径场1个，总建筑面积7.95万M2。建有校内实验实训室77个，校外实习基地50个。学院现有教学楼具备容纳8000名学生的能力，硬件条件能满足5000名在校生需求。
目前学院的二期建设项目已经启动，计划总建筑面积4万M2，总投资1.648亿元，包括学生宿舍4幢、体育馆1幢、食堂1幢、实训大楼1幢、系办公楼1幢，计划2011年新学年前完成建设。
学院建院前几年均超额或足额完成招生计划，招生规模远超同时建立的省内其他高职院校。2010年新生报到后，在校生规模达到5000人。
现设5系1部，即农业与生物技术系、园林系、动物科学系、经贸管理系、信息技术系及公共教学部。共设19个专业(其中3个专业方向)，2010级新生报到后学生数达到5000人，另有成教学生1300人。
现设9个研究所、1个省级重点实验室、1个博士后流动站分站、2个国家级试验区站、2个通过省级认证的检测检验中心。
学院现有教职工432人，其中：任教师257人，农业专业科技人才100多名；高级职称79人，博士、硕士研究生188人；有省"151"人才、市"551"人才、市专业技术拔尖人才、省市突出贡献中青年专家等高层次专业人才45名。
学院科研基础较为雄厚，为温州农业科技进步、人才培养和地方经济发展作出过重要贡献，曾受到国务院嘉奖，获得国家科技进步奖3项和国家发明奖2项，现在研国家、省、市科研课题100多项。
品种资源创新等种子种苗研究项目是学院科研主体，在粮食、果蔬育种、植物保护及各类先进农业技术创新与推广等领域取得重要成果。其中“珍汕97”及其衍生系统作为特优良种资源，先后选育成76个水稻品种，累计推广面积30多亿亩，产生3000亿元的经济效益，为实现我国水稻品种抗病高产、综合性状优良、增产增收作出突出贡献，至今“珍汕97”及其家系始终是我国杂交稻最主要的保持不育系，得到了袁隆平等水稻专家的高度评价。
学院有“国家职业技能鉴定所”等多个培训平台，每年举办各类专业技能培训10多期，年培训学员超2000人次；年组织各类技能鉴定10多次，通过技能考证逾千人；每年举行大型科技下乡10余次，年培训农民超3万人次。我院的学生暑期社会实践活动特色明显、效果显著，获得国家、省部、市级各类荣誉近百项。
我院每年平均选派15名左右科教人员担任农村科技特派员和农村工作指导员，选派20多位教师到企业挂职锻炼，为我市各单位选派人数之首，他们在基层做了大量的工作并取得了显著成效。在市政府开展的“百名专家联百村帮千户”行动中我院专家占46名，充分显示了我院科技支撑能力。
我院是全国唯一一所在农科院基础上建立的高职院校，是全国唯一一所同时挂高校与农科院牌子的院校，是全国唯一一所同时承担高职教育和农业科研职能的院校。
学院系“浙江省高职教育农林牧渔类专业教学指导委员会”主任单位，在浙江省高校中农类专业最多、农类学生人数最多。2010级新生报到后将有9个农类专业在校生1800余人。学生师生在国内农类技能专业竞赛中频获殊荣。
遵循“以就业为导向，创业带动就业”的工作思路，学院已建成一组创业示范点、一条农业特色创业街、一个网商创业园、一个大学生现代农业创业园、一栋创业楼；建立120家学生实习就业基地。设立70多个创业项目 ，其中20多个农类创业项目设立创业奖学金。